Nach verschiedenen Versuchen gelang es in den Jahren 1887 bis 1895 durch die umfassende Unterweserkorrektion nach den Plänen von Ludwig Franzius die seewärtige Zufahrt nach Bremen für Schiffe mit einer Tauchtiefe von 5,00 m bei Ausnutzung des Hochwassers befahrbar zu machen. Die starke Entwicklung des Seehandels und der Schiffsgrößen im Weltverkehr erforderten schon bald den weiteren Ausbau der Unterweser (7-m-Ausbau, erweiterter 7 m-Ausbau, 8 m-Ausbau, 8,7 m-Ausbau und 9 m-Ausbau jeweils unter SKN). Parallel hierzu mussten aber auch umfangreiche neue Hafenbaumaßnahmen durchgeführt werden.

Mit dem 9-m-Ausbau - der letzten Vertiefung und Verbreiterung der Fahrrinne in der Unterweser - wird Schiffen mit einem Tiefgang von max. 10,70 m die Fahrt nach Bremen ermöglicht. Der Streckenabschnitt zwischen Brake und Bremen verzeichnet mit zahlenmäßig weitem Abstand zu den übrigen Flussrevieren an der deutschen Nordseeküste den stärksten tideabhängig verkehrenden Schiffsverkehr. Im Hafen Bremen-Stadt wurden 2001 durchschnittlich 15 Mio Tonnen Güter seeseitig und durchschnittlich 4,5 Mio Tonnen binnenschiffsseitig umgeschlagen. Überlegungen für eine weitere Verbesserung der Erreichbarkeit der stadtbremischen Häfen sind in einer Vorbereitungsphase.

Die Hunte ist in ihrem Unterlauf von Oldenburg bis zur Mündung in die Weser bei Elsfleth Tidefluss und Seeschifffahrtsstraße. Seit Ende des 17. Jahrhunderts hat man zur Verbesserung der ungenügenden Vorflut, zur Verkürzung der Deichlinie und zur Verbesserung der Schifffahrt den Fluss begradigt und ausgebaut. Die Länge des Flusses von Oldenburg bis Elsfleth ist im Laufe der letzten zwei Jahrhunderte von rd. 39 km auf 25 km verkürzt worden. Die Untere Hunte bildet zusammen mit dem Küstenkanal die wichtige Wasserstraßenverbindung zwischen der Unterweser und dem nördlichen Dortmund-Ems-Kanal. Die Hunte wird in der Regel von Binnenschiffen in der Größenordnung der Europaschiffe sowie von Küstenmotorschiffen und Seeschiffen bis ca. 2000 BRZ befahren. Die schwierigen nautischen Verhältnisse und die vorgeschriebene tideabhängige Fahrt ab 2,20 m Abladetiefe machen eine erneute Anpassung der Hunte zwischen Oldenburg und Elsfleth notwendig. Wesentliches Ziel des geplanten Ausbaus ist die Vergrößerung des Tidefensters. Die Seeschiffe sollen zukünftig wieder zu 90 % ausgelastet fahren können.

Vorläufer des Küstenkanals war der für die Entwässerung und Erschließung ausgedehnter Moorgebiete in den Jahren von 1855 bis 1893 vom Großherzogtum Oldenburg erbaute Hunte-Ems-Kanal. Er führte von Oldenburg in westlicher Richtung bis Kampe und von hier über Elisabethfehn zur Leda. Wegen seiner geringen Schleusenabmessungen erlangte der Kanal keine Bedeutung für den überörtlichen Schiffsverkehr.

Erst nach dem 1. Weltkrieg wurde der heutige Küstenkanal in Angriff genommen und nach 14-jähriger Bauzeit 1935 fertig gestellt. Der Kanal ist rd. 69 km lang, davon rd. 63 km durchgehende Scheitelhaltung von Oldenburg bis Dörpen. Ursprünglich war der Kanal für den 600-t-Kahn bemessen, jedoch durch die damals schon großzügige Auslegung der Schleusen (Länge: 100 m, Breite: 12,0 m) kann heute der Kanal mit dem Europaschiff befahren werden sowie unter gewissen Einschränkungen auch mit dem Europaleichter 2A. Der Küstenkanal verkürzt die Entfernung Huntemündung - Bergeshövede gegenüber der Verbindung über die staugeregelte Mittelweser und den Mittellandkanal um rd. 86 km.

Im Bereich des WSA Bremen liegen u.a. die Stadtstrecke Oldenburg, ein Sicherheitstor sowie die Eingangsschleuse Oldenburg.

Neben seiner Funktion als Bundeswasserstraße nimmt der Kanal auch wasserwirtschaftliche Aufgaben wahr. Er wird durch Entwässerung angrenzender Moorgebiete und die Hunte gespeist und gibt das Überschusswasser durch die Goldfischdever in die Ems, durch den Elisabethfehnkanal in die Leda und in die Hunte in Oldenburg ab.

Insbesondere für die Hafengruppe Bremen Stadt spielen der Versand und der Empfang von Gütern per Binnenschiff eine beachtliche Rolle. So wurden im Jahr 2001 in den bremischen Häfen - wie in den Vorjahren auch - insgesamt über 5 Mio. Tonnen per Binnenschiff umgeschlagen, im gesamten Wesergebiet 11,2 Mio. Tonnen transportiert.

Im reinen Seehafenhinterlandverkehr spielt die Binnenschifffahrt mit einem Anteil von unter 5 Prozent für den Seegüterumschlag der bremischen Häfen nur eine untergeordnete, im Containerverkehr bisher gar keine Rolle. Ursache dafür sind im Wesentlichen die mit den geringen Schiffsgrößen, wie sie auf die Mittelweser derzeit nur möglich sind, einhergehenden hohen Transportkosten, die die Einbindung in Logistikketten verhindern. So können die Binnenschiffe auf der Weser oberhalb Bremens nur maximal 1.350 Tonnen ("Europaschiff") bei 2,50 m Abladetiefe befördern, während auf anderen Binnenwasserstraßen Deutschlands inzwischen Großmotorgüterschiffe, die ladungsabhängig bis zu 3.000 Tonnen und Schubverbände, die bis zu 5.000 Tonnen tragen können, eingesetzt werden. Solche Schiffe allerdings können Bremen auf Grund der eingeschränkten Befahrbarkeit der Mittelweser und der Unterdimensionierung einiger Schleusenbauwerke nicht erreichen. Mit dem Ersatz der Bremer Weserschleuse, passend für zwei GMS, das heißt, mit einer Kammerlänge von 225 m, wurde ein erster Schritt für die Anpassung unternommen.

Das WSA Bremen betreut die Mittelweser bis zur Landesgrenze Bremen / Niedersachsen.

Die Lesum entsteht durch den Zusammenfluss von Hamme und Wümme, ist etwa 10 km lang und mündet bei Vegesack als rechter Nebenfluss in die Weser.

Etwa 1,5 km oberhalb der Mündung liegt das Lesum-Sperrwerk mit Schleuse. Dieses wurde im Auftrag des Bundes gebaut, wird aber vom Land Bremen betrieben. Auf der Lesum gilt die Seeschifffahrtsstraßenordnung. Auf ihr verkehren im Wesentlichen Kleinfahrzeuge und Sportboote.

Die Wümme steht von der Franzosenbrücke in Borgfeld bis zum Zusammenfluss mit der Hamme auf rd. 18,5 km Länge im Eigentum des Bundes. Auf ihr gilt die Seeschifffahrtsstraßenordnung. Sie bildet auf dieser Strecke die Grenze zwischen der Freien Hansestadt Bremen und dem Land Niedersachsen. Für die Güterschifffahrt hat die Wümme nur noch geringe Bedeutung. Dafür ist sie aber ein beliebtes Gewässer für die Sportschifffahrt.

Seit Inkrafttreten des Bundeswasserstraßengesetzes nimmt die WSV an der Wümme nur fiskalische Aufgaben wahr.